中国科研团队以平易近猪实现国际首例猪T2T全基
中新网哈尔滨2月8日电 (记者 刘锡菊)8日,中国科研团队在黑龙江省农业迷信院宣布新闻:克日获得严重冲破,国际首例猪T2T全基因组组装--平易近猪完全基因组构建胜利实现,标记着猪基因组研讨迈入“完全剖析”新时期。
据悉,该结果由中国农业迷信院北京畜牧兽医研讨所张龙超研讨员团队,黑龙江省农业迷信院畜牧研讨所刘娣研讨员团队,重庆市畜牧迷信院王金勇研讨员团队,岳麓山试验室印遇龙院士团队,四川农业年夜学李明洲教学团队结合攻关,基于三代测序、ONT、Hi-C等前沿技巧,弥补了猪T2T基因组组装范畴的空缺,为猪遗传育种跟功效基因发掘供给了高精度“蓝图”,结果到达国际当先程度。
一是基因组最完全:弥补国际空缺。研讨团队以中国南方代表性处所猪种——平易近猪为工具,胜利组装了基因组巨细为2.66Gb的完全基因组,其持续性指标N50值到达Scrofa11.1参考基因组的三倍。尤为主要的是,初次完全剖析了平易近猪全部染色体的着丝粒跟端粒构造,发明1-12号染色体及X染色体为旁边着丝粒,而13-18号染色体为端着丝粒,为提醒染色体退化机制供给了要害数据。
二是泛基因组最片面:解码构造变异。基于T2T框架,团队构建了高品质的平易近猪泛基因组,判定出194,234个高相信构造变异(SV),体系剖析了SV的散布特点与功效关系。这一结果将猪基因组构造变异的剖析才能晋升至新高度,为精准发掘主要性状相干基因奠基了技巧基本。
三是冷顺应基因发明:助力抗寒育种。依靠T2T基因组数据,团队新发明89个与冷顺应相干的候选基因,此中TPT1基因被确以为要害调控因子。经由过程整合SV与RNA测序剖析,进一步锁定17个与构造变异直接关系的冷顺应基因。这些发明为培养耐寒猪种、应答极其气象供给了主要靶点。
四是育种利用潜力年夜:正确度明显晋升。研讨团队应用泛基因组SV数据,评价了基因组抉择(GS)技巧对猪胴体性状的猜测后果。成果表现,6特性状中有5个猜测正确性超70%,最高达88%。同时,80%以上性状在“SNP+SV”标志组合下到达最优猜测程度,较传统方式晋升2%-4%。别的,团队经由过程精致定位发明调控猪体型的要害基因组地区CL3及中心SV位点,为高效选育优质种猪供给了新战略。
该结果不只实现了猪基因组研讨的里程碑式冲破,更在利用层面展示出多重上风:在基因组完全性方面为猪遗传多样性研讨、退化剖析及疾病抗性基因发掘供给完全参考;SV标志的利用明显晋升基因组抉择的效力,减速精良性状定向改进,实现精准育种;冷顺应基因的发明为情况顺应性育种开拓新门路,助力养殖业提质增效,进步工业适配性。(完) 【编纂:邵婉云】
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